김종복 미술관은 크게 네 개의 공간으로 나뉜다.

Reception area
그 첫째는 미술관에 얼굴이라 할 수 있는 첫 공간이 리셉션 공간이다. 이는 靜적 공간으로 외부와 다른 공기의 질이 처음 느껴지는 공간이다. 첫번째 관념적 관입박스가 변형을 이루며 그 공간의 성격을 규정 짓는다.
김종복 미술관에서 이 공간의 외부의 일상으로부터 미술관이라는 한 화가의 작품세계로 들어가는 전이공간이다. 이러한 성격의 부여로 외부 파사드에서부터 연결된 조형적 천정과 내부벽이 변형된 듯한 같은 재질의 반드시 있어야 할 미술관 가구만으로 이곳의 새로운 공간이 형성된다.
이 첫 공간에서 연결되는 공간은 두 곳, 작품이 걸려진 전시장과 수장고와 그를 서포트하는 학예사실 아트 학술 세미나를 겸할 수 있는 라이브러리 겸 아트샵이 함께 하는 카페테리아 인 아카비움으로의 연결이다.

Archavium
아카비움 은 일반층에서 진입과 용이한 쪽에 그 공간을 두어 일반적 성격과 많은 사람들의 활동의 유입이 용이한 공간을 형성하였다. 미술관 전이공간이 리셉션 홀과 아카비움을 하나의 재질과 형태의 변형이 연속된 형태로 그 전이감을 유연하게 변형한다.
또한 막힌 듯 열린 공간으로 하나의 성격인 관객을 맞는 공간으로서 리셉션 공간과 하나의 선형구조를 갖는다.

Gallery
전시장은 김종복 미술관의 핵심공간으로 기존의 건축물과 두개의 미술관 관입박스가 만들어낸 세개의 다른 공간으로 구성되었다. 그 첫 전시장은 200호 300호의 크기의 그림이 걸릴 대작중심의 공간으로 전시장의 첫 공간이다. 이 공간은 외부 창호와 접해 있어 자연광이 은은히 유입되는 곳이기도 하다. 유화그림 특성상 빛에 민감한 부분을 보완하고자 기술적 장치인 우드월 스크린은 평상시에는 자연광의 유입을 조절하는 장치로, 화재의 사고시는 미술관 공간을 외부공간과 차단하는 장치로 고안되었다.
이는 결과적으로 대공간인 제1전시장의 특징을 지워주는 건축적 장치가 되기도 했다.
제 3 전시장 은 두개의 관입박스가 만들어내 사이공간으로 이곳은 김종복 화가의 소품의 전시를 이룰 곳으로 고안되었다. 주로 50호 이상의 대작이 많은 김종복 화가의 특성상 소품이 적지만 초기 작품세계에서 보여지는 소품의 깊이를 담아줄 공간이다. 또한 이 공간은 전시장 내부의 주 기계설비의 주관 덕트가 지나가는 곳으로 유일하게 낮은 층고를 허락한 공간이다.
제, 4,5,6 전시실과 영상 전시실은 세번째 관입박스에 해당하는데, 애초의 계획은 내부의 가변월이 종적 횡적으로 변형을 이루어 전체가 하나의 전시실을 구성할 수 있게 되어 있었다. 이것인 기본설계 이후 가변성에 대한 논란이 되면서 고정실이 3개, 완전한 폐쇄공간인 영상 전시실로 구성된다. 제 4,5,6 전시실은 김종복 화가의 1950년대~60년대, 1970년대~80년대, 90년대~2000년대의 연대기적으로 분류 전시하는 공각으로 기획되었다.

Art Storage
개인 미술관으로서는 결코 작지 않은 수장고가 김종복 미술관에 있다. 애초 미술관의 발생의 원류가 김종복 화가의 100여점의 작품 기증으로부터 시작되어, 장기보관의 문제가 큰 미술관으로 그 어느 공간보다 깊게 다루어진 곳이 수장고이다. 또한 작품의 회전이 많지 않은 특성상 수장고의 설비 시스템의 기준이 높았다. 새로 지어진 건축물이 아니어서 높은 층고를 요구하는 미술관 수장고의 수준을 맞추는 일은 쉽지 않았다. 그러나 기존 건축물에서 중심부에 위치하는 가장 내적공간에 둠으로써 건축적 장치로서의 보안의 문제를 해결하고 학예사실과 직결된 공간이 전실공간의 역할을 함으로써 관리 운영을 적절함을 유도하였다. 또한 실제 미술아카데미의 성격이 짙을 미술관의 특성상 그 위치가 관객들과 학생들의 유입이 많은 라이브러리 카페 곁에 둠으로써 그 활성화를 도모하였다.